日本をゆるがす一連の事件は、青森の核燃料再処理施設でプルトニウムが強奪されたことから始まった。ほどなくして、スピンクスを名乗る二人組（ナインとツエルブ）が、爆破予告動画をインターネットで配信しはじめる。

都庁を爆破した後も、次々にテロを成功させるスピンクスであったが、彼らの前に、かつて二人と同じ施設で育った少女ハイブが、立ちはだかる。

一方、テロリスト確保にむけて必死に動く警察の中に、過去に大物政治家・間宮を追って左遷された刑事、柴崎がいた。持ち前の頭脳と行動力で徐々に真相へと迫る柴崎は、プルトニウム強奪とスピンクス事件のつながりや、間宮を中核とした政界の極秘プロジェクトへとたどりつく。

やがて、ナインとツエルブのテロの目的とともに、この国が抱える巨大な"闇"の内実が、明らかとなる……。